Históricamente, se ha carecido de recursos y programas para niños y jóvenes en comunidades rurales del Perú. A veces hay oportunidades para adultos, pero los niños son descuidados. Runa Simi ha incluido un próspero ministerio para niños y jóvenes porque cree en la importancia de ellos.

Runa Simi trabaja con One Hope, una organización que lucha por la evangelización de los niños al nivel mundial. Mediante One Hope, se reciben materiales para niños como el “Libro De Vida”, un pequeño libro colorido con muchas fotos que cuenta la historia de la salvación. Estos libros son regularmente distribuidos a pastores, iglesias, y colegios en comunidades por la Sierra y la Selva del Perú. Son uno de los muy pocos materiales en Quechua y otros idiomas nativos que existen para niños. Por esta razón, son de alto valor para las comunidades.


Runa Simi también entrena a profesores de escuela dominical usando la técnica “Aprendizaje que Dura”. Los profesores de escuela dominical son enseñados a como crear lecciones y utilizar materiales que se les dan. Los materiales que se usan son adaptados a los recursos que los profesores tienen a su alcance. Mediante este entrenamiento aprenden a enseñar de una forma interesante y que los niños puedan recordar. Algunos de los profesores de escuela dominical son  jóvenes, pero capaces de hacer que este ministerio tenga un gran impacto.


Otra área es la del ministerio de títeres. El equipo de títeres está constituido por líderes de Runa Simi y jóvenes de la iglesia local. Ellos viajan por diferentes lugares del país entreteniendo y evangelizando a los niños. El equipo comparte con cientos de niños usando títeres, canciones, juegos e historias. Esto ha mostrado ser efectivo en alcanzar a los niños de las comunidades. El equipo de títeres es continuamente invitado a diferentes comunidades porque la gente instantáneamente ve el valor del programa. Hasta son invitados a escuelas seculares.


El el área de Jóvenes, a través del año se va a las comunidades de la sierra y selva donde viven los jóvenes para hacer las capacitaciones las capacitaciones. Una vez al año Runa Simi organiza una conferencia para estos jóvenes líderes que ya se ha estado capacitando durante el año en la obra.  Algunos vienen de lugares remotos de las montañas y de la selva, viajando varios días para atender la conferencia en Chosica. La conferencia, que dura una semana, está llena de entrenamiento teológico y discipulado, juegos, y comunión. Los jóvenes son alentados en su fe, y equipados para volver a sus comunidades a compartir el evangelio.


Runa Simi también trabaja con CEFMA (Centro de Formación Misisologica Andina). Esta organización entrena a las personas que sienten un llamado de ser misioneros a otras partes del Perú y el mundo. En el centro de entrenamiento en Huánuco, el estudiante lleva clases de misiones y teología.