En 1987 la traducción de la Biblia Quechua Ayacucho fue terminada. Aunque fue un tiempo de turbulencia política, iglesias comenzaron a nacer por todas las montañas mientras la gente oía las buenas nuevas. Fue un tiempo de gran crecimiento en la iglesia. Sin embargo, el simplemente tener la Biblia no era suficiente. Runa Simi vio una gran necesidad de entrenar a pastores y líderes.

Runa Simi hace entrenamientos en los pueblos remotos de la sierra donde se encuentran estos lideres y también en su centro en Chosica. Usando el programa “Capacitar y Multiplicar” en Quechua, los pastores y líderes aprenden simples pero fundamentales verdades Bíblicas y teológicas. Los materiales son fáciles de entender y utilizan lecciones prácticas para la vida diaria. Los líderes también son entrenados para enseñar a sus propios grupos de estudiantes. De esta forma, pastores y líderes son capaces de llevar lo que han aprendido a sus propias comunidades, donde multiplicaran la enseñanza. Las Biblias Quechuas están siendo leídas, estudiadas, y compartidas.

Otro enfoque del área de discipulado es el Estudio Bíblico Inductivo. Los líderes aprenden una habilidad muy importante: Como estudiar la Biblia por ellos mismos. Mediante cuidadosa observación del pasaje, son capaces de aprender más sobre Dios, más sobre ellos mismos, y como deben aplicar lo aprendido a sus vidas. Incontables vidas son transformadas mientras las personas van aprendiendo sobre las verdades Bíblicas.

Runa Simi también se asocia con el ministerio SALT/SETE (Seminario de Entrenamiento Teológico por Extensión) para preparar a pastores que no han tenido un entrenamiento formal. De esta forma los pastores adquieren conocimiento Bíblico y buena doctrina para poder mejor servir a Dios en sus iglesias al mismo tiempo que pueden obtener un certificado de estudios reconocido por la nación.